Inhaxiô được chọn làm bề trên tổng quyền đầu tiên và là tổ phụ sáng lập Dòng Tên. Ông đã gửi nhiều tu sĩ anh em trong dòng đi truyền giáo khắp châu Âu, thiết lập ra các trường học, cao đẳng, và các chủng viện. Năm 1548, bản Linh Thao đã được in, mặc dù trước đó bị đưa ra Toà án dị giáo Rôma, nhưng đã được phát hành. Inhaxiô viết bản Hiến pháp Dòng Tên và được thông qua vào năm 1540 tạo thành một hội dòng mới, nhấn mạnh sự hy sinh và vâng lời giáo hoàng và bề trên. Nguyên tắc chính của ông đã trở thành phương châm chung của Dòng Tên: Ad maiorem Dei gloriam (Để Thiên Chúa được vinh hiển hơn). Các tu sĩ Dòng Tên là nhân tố chính trong việc cải cách Công giáo. Trong thời gian 1553-1555, thông qua thư ký của mình là linh mục Goncalves da Camara, Inhaxiô cho ra đời cuốn tự truyện cuộc đời mình, đây là một nguồn có giá trị cho phương thức Linh Thao ngày nay. Ông qua đời tại Roma vào ngày 31 tháng 7 năm 1556 vì trận dịch sốt rét.